Elle commence au 9ème siècle. Mais le village a beaucoup souffert au cours des siècles, notamment durant la guerre de Trente ans, et fut entièrement détruit pendant la 1ère guerre mondiale. Son image actuelle date des années 1920, et l'immobilier historique auquel était attaché des pans de notre passé n'existe plus.
Toutefois les annales nous révèlent des dates marquantes de notre histoire et la tradition orale permet de situer certains évènements à leur emplacement dans le village.
A noter que Muhlbach a la chance de détenir un livre sur son passé, commandé par le Conseil Municipal à l'archiviste de Colmar en 1925, et complété en 1996 par nos concitoyens Monsieur et Madame Martin à l'occasion des festivités du 1100ème anniversaire du village.
Muhlbach-sur-Munster puise ses racines dans l'histoire du Saint-Empire et, à partir de 1648, dans l'histoire de France. Le village a été cité pour la première fois en l'an 896, sur un parchemin retrouvé aux Archives départementales, par lequel le Roi Zwentibold de Lotharingie, arrière petits-fils de Charlemagne, a confirmé les droits de l'abbaye de Munster sur le village de Muhlbach qui possédait déjà une église, la première de la Grande Vallée. Celle-ci, détruite, fut reconstruite et consacrée par l'Evêque de Bâle en 1068.
Muhlbach fait partie de la première Communauté de communes de la Ville et du Val de Munster fondée en l'an 1235 pour se voir octroyer certaines libertés par l'Empereur Frédéric II de Hohenstaufen et qui l'avait ainsi détachée de la suzeraineté de l'abbaye. Cette communauté est devenue ville d'empire en 1287et membre de la Décapole par la suite. l'Empereur Frédéric II est cité comme le souverain marquant entre Charlemagne et Napoléon, franco-allemand puisque petit-fils à la fois de Frédéric-Barberousse et de Roger II de Sicile de la famille normande d'Hauteville.
Humaniste parlant 7 langues, il était le seul souverain à avoir mené croisade sans effusion de sang, ayant négocié avec le sultan du Caire l'accès à Jérusalem.
En 1507, l'Empereur Maximilien 1er accorde un droit de marché à Muhlbach le jour de la Saint-Barthélémy. Un tel privilège était très recherché.
La première école de la Grande Vallée fut construite à Muhlbach en 1559, pour y accueillir les enfants des quatre villages. Les liens entre école et paroisses étaient très étroits.
En 1575 est né à Muhlbach, Johann Carolus, qui a fondé à Strasbourg le premier journal imprimé du monde, permettant ainsi d'intensifier la diffusion de l'information pour permettre aux médias de prendre progressivement leur éminente place actuelle.
Des Muhlbachois ont participé à ce que les chroniques ont appelé le "procès du bois", combat pour la liberté sous les Rois Louis XV et XVI. L'un d'entre eux a été condamné aux galères.
En 1675 Muhlbach dut vendre sa plus grande cloche pour subvenir aux besoins des troupes du régiment d'Orléans qui avaient pris leurs quartiers dans la Vallée après la bataille de Turckheim.
Dans un passé plus récent, en 1993, Muhlbach a signé avec Kermaria-Sulard une Charte de jumelage qui a amené l'amitié, les échanges, la connaissance de l'autre, entre Bretons et Alsaciens des deux communes.
Muhlbach-sur-Munster s'appuie sur sa longue histoire pour se tourner résolument vers l'avenir en pérennisant un lieu de vie agréable pour ses habitants, et accueillant pour ses visiteurs.